نظراً لتخصصية المستشفى في جراحة المخ والأعصاب والعمود الفقري فقد واكب هذا القسم افتتاح المستشفى ويضم أربع غرف عمليات مجهزة بأحدث الأجهزة والتقنيات كما يحتوي على وحدة تعقيم مركزية وغرفة إفاقة ويتواجد به اختصاصي تخدير يقوم بتحضير الحالات الجراحية للتخدير الكلي والموضعي وتخدير عمليات الولادة بدون ألم، كما يعمل في القسم طاقم تمريض ومساعديهم على مدار الساعة .